真正的生物有机肥是集腐熟堆肥、氨基酸和功能微生物为一体的，并经过功能微生物二次固体发酵（繁殖）的混合物，腐熟的堆肥只能称为有机肥，而不能称为生物有机肥。根据这一定义，制造生物有机肥的主要工艺路线为：

（1）将秸秆和粪便混合后接种堆肥微生物菌种，进行高温堆制约10天（期间当温度上升至65℃时开始每天翻抛一次，逐步使每天的堆肥温度上升至75℃，维持5-7天），经过这段高温后的堆肥叫做“基本腐熟堆肥”；

（2）将屠宰场下脚料（主要原料为猪毛等）经过酸解成液体氨基酸；

（3）定量将液体氨基酸加入至“基本腐熟堆肥”中，中和、后熟5天（每天翻抛一次，充分混合）成为生物有机肥原料；

（4）向生物有机肥原料中接种功能微生物进行二次固体发酵（此发酵阶段堆体温度不能超过45℃），最后检测生物有机肥的产品指标。