微生物有机肥料在蔬菜上研究和应用的最为广泛，在白菜、黄瓜、玉米、番茄、大豆、辣椒、苦瓜、卷心菜等种植中施用效果显著。试验表明，微生物有机肥料能促进黄瓜的发育，降低黄瓜病害的发生，显著提高黄瓜的净光合强度、雌花节率、坐果率、前期产量、总产量，改善产品口味，且能减低硝酸磷含量。专家在小油菜上进行使用生物有机肥、有机无机配合施肥、三元肥的田间对比试验，结果显示施用有机肥的小油菜中硝酸盐和亚硝酸盐的含量比对比照减少了36.17%和21.77%，并且能够提高土壤的肥力。对烟草的研究表明，使用烟草专用微生物肥料能促进烟草生长，可提高产量5.7%～23.3%，增加上中等烟率2.1%～6.1%，同时还能提高烟叶内在品质、增加烟草的抗逆性，改善杂气和刺激性。另外，微生物有机肥料能够促进棉籽发芽、棉苗根系的生长和发育，增强棉苗的抗逆性，减少蕾铃脱落率，增加铃重，增产增收。